3.5 - 4 weken Indonesie lijkt misschien vrij lang, maar gezien de afstanden en de kwaliteit van de wegen kan dat nogal eens tegen vallen.... Ik zou me dan ook beperken tot 1-2 eilanden.
Java (evt gecombineerd met Bali, maar dat hoeft niet eens) heeft heel wat te bieden. Cultuur en mooie tempels, denk hierbij aan Yogya en omgeving. Maar ook bij Malang/Singaraja is het een en ander te vinden. Er zijn vulkanen, als de Bromo in het oosten en de Merapi bij Yogya. Natuurlijk kun je die beklimmen. Je kan pootjebaden (niet echt zwemmen, teveel stroming!) bij Pangadaran, waar tevens een leuk stukje jungle is om een trekking door te doen. En zo is er voor iedereen wat.
Een andere optie zou een combinatie van Bali met Lombok kunnen zijn. Tijdens mijn eerste bezoeken aan Indonesie heb ik Bali ook overgeslagen omdat ik dacht dat het niks voor mij zou zijn, maar vervolgens verliefd op het eiland geworden, en heb ik er zelfs een tijdje gewoond

. Nu is een bezoek aan Indonesie niet meer compleet zonder bezoek aan Bali, ook natuurlijk om vrienden te zien.
Bali heeft een paar mooi vulkanen (Gn Batu en Gn Agung), en natuurlijk veel cultuur en tempels. Er zijn leuke stranden om te snorkelen en te duiken. Op Lombok kun je evt een meerdaagse trekking naar de Rinjani maken, wat een van de hoogste bergen van ZO Azie is. En je kan relaxen op de Gili eilanden.
Ik zou tijdens je eerste bezoek niet verder naar het oosten trekken. Niet omdat het niet mooi is, integendeel, maar omdat het moeilijker te bereizen is. Bovendien loop je het risico dat in oktober het regenseizoen net begonnen is, wat er toe kan leiden dat je vast komt te zitten op bv Flores of een van de andere eilanden van Nusa Tengara, waar de regen heviger is als op Java en Bali en de wegen een stuk slechter zijn.
Binnenlandse vluchten in Indonesie zijn ideaal. Niet duur, en gewoon ter plekke te boeken. Houd er wel rekening mee dat tussen sommige plaatsen niet frequent gevolgen wordt, en dat rond Indonesische feestdagen vliegtuiigen snel vol zitten.